Der Mainzer Kurfürst Friedrich Karl Joseph von Erthal hat die schon ältere Idee einer Stiftung zugunsten der Universität entschlossen umgesetzt: Er ließ am 15. November 1781 die drei reichsten Mainzer Klöster Altmünster, Karthause und Reichklara auflösen – ein seinerzeit aufsehenerregender Vorgang. Mit einem Schlag stand der kurfürstlichen Universität nun ein großes Vermögen zur Verfügung, das sich vor allem aus Haus- und landwirtschaftlichem Grundbesitz zusammensetzte. So ist der Mainzer Universitätsfonds entstanden. Er besteht bis heute und ist damit einer der wenigen Anknüpfungspunkte der heutigen JGU zur „alten“, 1477 gegründeten Mainzer Universität.

Der Mainzer Universitätsfonds ist seit 1965 eine rechtsfähige, gemeinnützige Stiftung des öffentlichen Rechts. Die Erträge fließen an die JGU zur Förderung der Universität in Forschung, Lehre und allen anderen ihr gesetzlich übertragenen Aufgaben. Das Stiftungsvermögen umfasst zahlreiche Wohnimmobilien sowie rund 400 Erbbaurechtsgrundstücke in bester Stadtlage von Mainz und in Rheinhessen. Dazu kommen rund 850 Hektar landwirtschaftliche Flächen, darunter auch Weinberge in rheinhessischen Spitzenlagen. Damit gehört die Stiftung Mainzer Universitätsfonds zu den bedeutendsten Grundbesitzern in Rheinland-Pfalz.